1、发现服务器被入侵，应立即关闭所有网站服务，暂停至少4小时。这时候很多站长朋友可能会想，不行呀，网站关闭几个小时，那该损失多大啊，可是你想想，是一个可能被黑客修改的钓鱼网站对客户的损失大，还是一个关闭的网站的损失大呢?你可以先把网站暂时跳转到一个单页面，写一些网站维护的的公告。

2、下载服务器日志，并且对服务器进行全盘杀毒扫描。这将花费你将近1-2小时的时间，但是这是必须得做的事情，你必须确认黑客没在服务器上安装后门木马程序，同时分析系统日志，看黑客是通过哪个网站，哪个漏洞入侵到服务器来的。找到并确认攻击源，并将黑客挂马的网址和被篡改的黑页面截图保存下来，还有黑客可能留下的个人IP或者代理IP地址。

3、Windows系统打上最新的补丁，然后就是mysql或者sql数据库补丁，还有php以及IIS，serv-u就更不用说了，经常出漏洞的东西，还有就是有些IDC们使用的虚拟主机管理软件。

4、关闭删除所有可疑的系统帐号，尤其是那些具有高权限的系统账户!重新为所有网站目录配置权限，关闭可执行的目录权限，对图片和非脚本目录做无权限处理。

5、完成以上步骤后，你需要把管理员账户密码，以及数据库管理密码，特别是sql的sa密码，还有mysql的root密码，要知道，这些账户都是具有特殊权限的，黑客可以通过他们得到系统权限!

6、Web服务器一般都是通过网站漏洞入侵的，你需要对网站程序进行检查(配合上面的日志分析)，对所有网站可以进行上传、写入shell的地方进行严格的检查和处理。如果不能完全确认攻击者通过哪些攻击方式进行攻击，那就重装系统，彻底清除掉攻击源。